Juego desarrollado por la empresa de videojuegos Konami para la plataforma PlayStation 2. Tercera entrega de la saga Metal Gear Solid, y quinta de la saga Metal Gear creada por Hideo Kojima. En ésta entrega, tanto el sistema de juego como la línea argumental cambian radicalmente, aún permaneciendo fieles a los títulos anteriores. Al desarrollarse la acción en 1964, las armas, vestimentas, pensamientos políticos e intrigas son típicas de la Guerra Fría. Para poder avanzar en el juego, el jugador debe adaptarse a las situaciones en las que el personaje se ve inmerso, debe obtener el armamento, los alimentos y las medicinas de su entorno, es necesario explorar los mapas para encontrar armas y recargas, cazar para poder alimentarse, y buscar plantas curativas para conseguir medicinas.
En Japón y Estados Unidos salió al mercado en 2004, obteniendo críticas excelentes por parte de expertos, revistas y aficionados. En España, el juego fue lanzado al mercado el 5 de marzo de 2005, los fans de la saga esperaban impacientes este título, que había obtenido excelentes críticas tanto en Japón como en Estados Unidos. La trama, el sonido, los detallados gráficos y el nuevo sistema de juego y de cura hicieron de esta nueva entrega de las aventuras de Snake un juego atractivo y atrayente. Es considerado por muchos de los aficionados como el juego definitivo de Metal Gear.
Metal Gear Solid 3 comienza con una espectacular secuencia en la que el personaje principal, Jack o Naked Snake, se lanza desde un avión en paracaídas sobre suelo soviético. Ambientado en 1964, tras la Crisis de los Misiles de Cuba y el asesinato del presidente Kennedy, las tensiones políticas entre Estados Unidos y la Unión Soviética se han agravado, y cualquier conflicto podría ser el detonante de una Tercera Guerra Mundial. La misión de Jack consiste en infiltrarse en la jungla soviética para rescatar al doctor Nikolai Stepanovich Sokolov, quien antes de desertar de la Unión Soviética estaba al cargo del desarrollo de una nueva arma nuclear que puede cambiar el equilibrio de poderes.
Jack pertenece a la Unidad de Fuerzas Especiales Fox, especializada en misiones de infiltración y en misiones de un solo hombre, con los agentes mejor entrenados del mundo. Agentes que son adiestrados para armarse con todo lo que encuentren en su camino, para, en caso de que sean capturados, no puedan ser identificados a través de su armamento. Esta misión es denominada Misión Virtuosa, de ella depende el futuro de la "Unidad Fox". Jack recibe el nombre en clave de Naked Snake (Serpiente Desnuda), pues es arrojado en territorio soviético completamente desarmado. Recibirá apoyo por radio del Mayor Zero, jefe de la unidad, Paramedic, joven agente médico, y The Boss, antigua mentora de Jack y heroína de la Segunda Guerra Mundial.
Snake no tarda mucho en encontrarse con Sokolov, entonces se dispone a llevarlo al punto de rescate, pero entonces se encuentra con el Mayor Ocelot, quien confunde a Jack con The Boss. Éste será el primer enfrentamiento entre Snake y el joven Ocelot, en el que siempre perderá Ocelot. Tras despachar a Ocelot, aparece The Boss, quien ha desertado en favor de la Unión Soviética, uniéndose al grupo militar del coronel Volgin, entregándole un lanzamisiles portátil y dos mini-cabezas nucleares. A continuación, la antigua unidad de The Boss secuestra a Sokolov, y Snake es arrojado a un río por The Boss, momento en el que Snake le arrebata su bandana.
La espectacular arma en la que estuvo trabajando Sokolov, era el tanque denominado "Shagohod", capaz de lanzar un ataque nuclear contra Estados Unidos desde cualquier lugar de la Unión Soviética. Volgin roba el Shagohod de la antigua planta de investigación de Sokolov, con el objetivo de hacerse con el control político de la Unión Soviética e iniciar una nueva guerra contra los Estados Unidos. Pero entonces, lanza una mini-cabeza nuclear contra la planta de investigación, sabiendo que se culpará a los Estados Unidos.
Tras pasar una semana en la UCIs, Snake regresa a territorio soviético con órdenes de recuperar a Sokolov, destruir o inhabilitar el Shagohod, acabar con Volgin, y asesinar a The Boss para demostrar la inociencia de los Estados Unidos. Esta misión será llamada Misión Snake Eater (Comedor de Serpientes), pues también deberá acabar con los miembros de la antigua unidad de The Boss, los COBRAS. Del éxito o fracaso de la Misión Snake Eater dependerá que estalle un conflicto nuclear a nivel mundial.
Habiendo detectado la aeronave americana que desplegó a Snake en territorio ruso, los Estados Unidos se declara responsable de los ataques atómicos, el depósito ambas naciones al borde de una guerra nuclear. En una conferencia secreta entre EE.UU. el Presidente Lyndon Johnson y el Primer Ministro soviético Nikita Jrushchov, un trato es ideados para demostrar la inocencia de los EE.UU. y restablecer la paz. Los Estados Unidos se compromete a poner fin a la renegados facción de Volgin, destruir el Shagohod robado y Eliminar a la desertora americana, The Boss.
Una semana después de haber sido rescatado de la región, Snake se redistribuyó en la selva rusa como parte de la Operación Snake Eater, a cumplir con el compromiso de Estados Unidos. Durante la misión, gana la ayuda de otra desertora Americana, ex agente de la NSA EVA, que desertó hace algunos años. Después de numerosos encuentros con la Unidad de élite de Ocelot (dirigido por Ocelot), y derrotar a cada uno de los miembros de la CUnidad Cobra, Snake consigue localizar Sokolov y el Shagohod robado, sólo para ser capturados en la fortaleza militar de Volgin, Groznyj Grad. Después de presenciar la aparente muerte de Sokolov, Snake es torturado y pierde un ojo cuando Ocelot dispara a matar a EVA; Snake en última instancia, se escapa.
Cuando regresa a las instalaciones para destruir el Shagohod, Snake aprende de los Filósofos. Formada por los más poderosos hombres en los Estados Unidos, la Unión Soviética y China, que son los Illuminati, al igual que la organización que controla el mundo detrás de las escenas.Sin embargo, tras el final de la Segunda Guerra Mundial, comenzaron a luchar entre ellos, y la organización se rompió. El dinero, $ 100 millones (aproximadamente $ 1 billón de hoy una vez hechos los ajustes por inflación), que habían acumulado para financiar sus guerras, llamado Legado de los Filósofos, fue dividido y escondido en bancos de todo el mundo. Volgin había heredado ilegalmente Este dinero, y Snake se da cuenta que los EE.UU. está tratando de recuperarlo.
Snake continúa su misión, la destrucción de las instalaciones y el tanque de Shagohod, mientras que la participación Volgin, que es asesinado por un perno del relámpago durante la batalla. Snake y EVA viajan a un lago, donde un vehículo está oculto. Antes de usarlo para escapar de la región, Snake se enfrenta a su antigua mentora, The Boss, a quien debe matar para completar su misión. Después de una batalla emocional, Snake vence sus sentimientos y sus derrotas. Él y EVA escapan a Alaska, y pasar la noche juntos. Durante la noche EVA desaparece, y deja una cinta donde se revela como una espía enviada por China para robar el Legado de Filósofos de China. [28] La cinta continúa, y EVA revela que The Boss no desertó a la Unión Soviética; Por el contrario, Ella estaba bajo las órdenes de pretender desertar por lo que podría infiltrarse en las filas de Volgin y encontrar la ubicación del Legado, para ser devuelto a los Estados Unidos. La parte final de su misión fue sacrificar su honor y muere por las Manos de Snake, con el pretexto de ser una traidora, para demostrar la inocencia de los EE.UU. después del ataque nuclear de Volgin en el comienzo del juego .. que nadie, incluido el jefe, había predicho.
A Snake se le concede el título de "Big Boss", y le otorgan la Cruz al Servicio Distinguido por sus esfuerzos. Más tarde, llega a una tumba anónima, la tuma de The Boss', sólo una de las miles que hay en el enorme cementerio militar que Snake visita. En la que se sitúan el arma de The Boss, una Patriot y un ramo de lirios en una tumba sin nombre, Snake examina las interminables filas antes que él, saluda, y arroja una sola lágrima.
Después de los créditos, Ocelot realiza una llamada (una conversación telefónica) y revela que los microfilmes que contienen la información sobre el legado de los filosofos que obtuvo EVA son falsos, que él era Adam, La mitad del legado se encuentra en Manos del Gobierno de los EE.UU. gracias a Snake, y que estaba trabajando para la CIA